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宗教法人の税務調査の場合、調査の主税目は源泉所得税となります。
税務署の源泉担当の調査官が調査に行くことが多くなります。
住職の個人所得が、漏れていないかが主な調査項目でしょう。
その場合、お布施や祈祷料、寄付金などを法人収入に計上せずに個人的に使っていたり、預金したりしていないか確認されます。
収入を計上せず個人的に使っていることがわかれば簿外給与となり、源泉課税漏れによる税金が追徴され、さらに収入除外によることから重加算税が課せられるということになります。

これらの照合は、お寺なら、過去帳、法要記録などから、調べるのでしょう、さらには金融機関等を調べたり、生活状況から推測していくことができます。

何よりも、個人と法人の会計を明瞭に区分下会計を行う姿勢が大事なのです。
尚,収入の脱漏が発覚しますと給与とみなされて所得税を追徴収されるだけでなく、税額に対する35 パーセントの重加算税が課されることを覚悟しなければなりません。通常調査は過去3 年間遡りますが、悪質と判断されると5 年間遡ります。
個人と法人の判断で、当局と認識が異なることも多くあります。微妙なものは、予め、当局に相談し、同じ認識になるように、普段から心がけることを薦めます。